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云南省农业科学院甘蔗研究所始建于1956年，为云南省唯一的省级甘蔗专业公益性科研单位，是云南省甘蔗产业技术研发中心，国家农业科研百强所。其主要任务是根据蔗糖生产发展对甘蔗科技的需求，以应用研究和开发研究为主，积极开展相关的应用基础和高新技术研究，重点解决不同时期云南甘蔗生产发展中全局性、关键性的全产业链重大科技问题。在国家和云南省等上级主管部门的大力支持下，目前建有5个国家级平台（国家甘蔗种质资源圃、国家甘蔗品种改良中心云南分中心、农业部甘蔗野外观测实验站、农业部内陆型甘蔗杂交育种基地、农业部甘蔗原（良）种繁育基地）和6个省级平台（云南省甘蔗遗传改良重点实验室、云南甘蔗工程技术研究中心、云南农科院滇南农产品检测中心、云科云蔗科技众创空间、“中国-斯里兰卡”甘蔗联合研究中心、面向南亚东南亚甘蔗品种改良联合研发中心）；也是云南省蔗糖产业技术创新战略联盟挂靠单位。
目前拥有职工93人，其中研究员13人，副研究员28人；拥有农业部糖料专家组组长1人，国务院特殊津贴专家2人，国家现代甘蔗产业技术体系岗位科学家3人，国家综合试验站站长1人；云岭产业技术领军人才4人，省突出贡献奖专家2人，省特殊津贴专家2人，云南省甘蔗产业体系岗位专家4人，云南省中青年学科带头人和技术创新带头人12人。
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